U fondu stare i retke knjige smeštene su rukopisne, stare i retke štampane knjige, stari časopisi i novine, arhivska zbirka i zbirka karata. Zbirka rukopisnih, ćirilskih i orijentalnih knjiga predstavlja najdragoceniji deo fonda Univerzitetske biblioteke.
Od ćirilskih rukopisa, kojih sa odlomcima ima 90, najstariji su oni iz 13. veka: odlomak Apostol jevanđelja, pisan na koži, i Psaltir nađen u selu Pečari kod Bele Crkve u Raškoj. Od brojnih ćirilskih rukopisa pisanih u 14, 15, 16. i 17. veku, najznačajniji su Minej za mart–april iz 1344–1345. godine, najstariji sačuvani prepis, Pohvale Sv. Simeunu i Sv. Savi od Teodosija iz druge polovine 14. veka, Četvorojevanđelje iz druge polovine 15. veka, baranjski rukopis Dušanovog zakonika sa početka 16. veka, Panegirik pisan 1595. godine u manastiru Sv. Trojice kod Pljevalja i dr.
U zbirci rukopisa na orijentalnim jezicima, kojih je ukupno 397 u 633 knjige, najveći broj je na arapskom (498), na osmanskom (126) i persijskom jeziku (9). Najstariji rukopis datira iz 1206. godine. Uglavnom nastali na našoj teritoriji, ovi rukopisi većinom su iz oblasti prava, istorije, književnosti i filozofije. Svi rukopisi iz ove zbirke su skenirani i uključeni u elektronski katalog Biblioteke i u evropsku elektronsku biblioteku Europeana Libraries.
Od najstarijih štampanih knjiga iz 15. veka, inkunabula, treba pomenuti Oktoih prvoglasnik i Psaltir sa posledovanjem iz Cetinjske štamparije iz 1494. godine, i Biblia Latina iz Nirnberga iz 1477. godine, koja je ručno ukrašena. Značajna je zbirka knjiga iz 16. veka (srbulja), štampanih u Veneciji, Gračanici, Sebešu, Mileševi, Mrkšinoj crkvi, Skadru, Trgovištu i Beogradu. Od ovih izdanja naročito je vredan primerak Oktoiha, štampan u Gračanici 1539. godine, koji ima izvanredno retku ilustraciju, drvorez meloda sa manastirom Gračanicom na prvom listu. Isto tako značajan i dobro očuvan je primerak Četvorojevanđelja, štampan u Beogradu 1552. godine.
Veliki je broj knjiga na stranim jezicima, među njima su: prvo izdanje dela Marka Marulića na latinskom De institutione bene vivendi, koje je štampano u Veneciji 1506, delo Chronicorum turcicorum, štampano u Frankfurtu na Majni 1578, sa gravirom Beogradske tvrđave, Ptolomejeva La Geografia, štampana u Veneciji 1574, Il regno degli Slavi Mavra Orbina iz 1601. godine, čuveni Merkatorov Atlas, štampan u Amsterdamu 1630, koji sadrži i mapu Srbije itd.
Od brojnih knjiga iz 18. veka, treba pomenuti Stematografiju Hristifora Žefarovića štampanu u Beču 1741, Latinski bukvar Zaharija Orfelina (Venecija, 1767), Život i priključenija Dositeja Obradovića (Lajpcig, 1783), Istoriju raznih slovenskih naroda Jovana Rajića (Beč, 1794), prvi srpski časopis – Slaveno-serbski magazin Zaharija Orfelina objavljen u Veneciji 1768. i prve srpske novine – Slaveno-serbske vjedomosti, štampane u Beču 1792–1794.
Naročito je veliki broj naših knjiga iz 19. veka: Vukova Pjesnarica i Pismenica (Beč, 1814), prva izdanja Đure Daničića, Branka Radičevića, Njegoša, Petra Preradovića, Svetozara Markovića kao i jedino sačuvano originalno izdanje Ustava knjaževstva Serbije, tzv. Sretenjskog ustava, izdato u Kragujevcu 1835. godine.
Od periodičnih izdanja sačuvani su: Zabavnik Dimitrija Davidovića za 1834, Srpske Novine od početka izlaženja u Kragujevcu 1834, Novine serbske koje su izlazile u Beču od 1813, pod uredništvom Davidovića i Frušića, Šumadinka Ljube Nenadovića za 1850, Danica ilirska Ljudevita Gaja iz 1836, štampana u Zagrebu i mnoga druga.
Dragocena je i arhivska zbirka, koja sadrži pisma i dokumenta nastala od kraja 17. do 20. veka. Najveći deo ove zbirke čini lična prepiska znamenitih ličnosti, sa oko 4.000 jedinica i oko 22.000 ispisanih strana.
Zbirka geografskih karata i atlasa sadrži stare mape, na kojima su prikazani i naši krajevi. Od starih karti posebnu pažnju privlače bakrorezi – planovi Beograda iz 18. veka.
Proces digitalizacije najvrednijih retkih publikacija i arhivske građe je u toku, i one se sukcesivno uključuju u digitalni repozitorijum i elektronski katalog Biblioteke.