Fond Univerzitetske biblioteke sastoji se od zbirke monografskih i serijskih publikacija, referensne zbirke, rukopisa, arhivske građe, doktorskih disertacija i elektronskih izvora. Pored naučno-istraživačkih publikacija koje čine srž fonda, u kolekciji se uvek mogu pronaći kvalitetni naslovi iz beletristike.
Fond monografija Univerzitetske biblioteke uoči njenog osnivanja formiran je prvenstveno od poklona stranih univerziteta i fondacija, kao i pojedinaca. Prilikom useljenja u zgradu fond je brojao 57.254 sveske.
Fond serijskih publikacija sadrži više od 8.500 naslova u preko 700.000 svezaka. Od toga je 5.200 naslova stranih serijskih publikacija, najvećim delom na engleskom, nemačkom, francuskom i ruskom jeziku.
U fondu stare i retke knjige smeštene su rukopisne, stare i retke štampane knjige, stari časopisi i novine, arhivska zbirka i zbirka karata. Zbirka rukopisnih, ćirilskih i orijentalnih knjiga predstavlja najdragoceniji deo fonda Univerzitetske biblioteke.
Posebnu biblioteku Vojislava Jovanovića čine 6.292 sveske lične biblioteke, a najvredniji njen deo predstavljaju znalački nabavljane zbirke i studije o narodnoj književnosti.
Univerzitetska biblioteka u svojim fondovima ima preko 30 posebnih biblioteka, koje se čuvaju kao zasebne celine. One su veoma raznovrsne po veličini i značaju, a predstavljaju veliku vrednost, kako po sadržaju, tako i kao svedočanstvo o ličnostima kojima su pripadale.
Univerzitetska biblioteka poseduje zbirku domaćih i stranih doktorskih disertacija u štampanoj i elektronskoj formi. U Biblioteci su se čuvale doktorske disertacije sa teritorije Jugoslavije od 1945. godine, a od 90-ih godina, u njoj se čuvaju samo doktorske disertacije sa Univerziteta u Beogradu.
Austrijska biblioteka je pozajmna biblioteka u kojoj su sve publikacije u slobodnom pristupu. Najveći deo fonda čine knjige iz oblasti književnosti, filologije, umetnosti, arhitekture, kulture, istorije, filozofije, psihologije i sociologije.
Osnovni cilj refrensne zbirke je da zadovolji informacione potrebe korisnika i omogući bibliotekarima da pruže direktnu personalnu pomoć korisnicima u traženju informacija. Zbirka je sređena tako da korisnici lako mogu samostalno da koriste referensna dela.
B-fond Univerzitetske biblioteke sadrži publikacije iz oblasti bibliotekarstva, informacionih nauka, arhivistike i muzeologije i nalazi se u slobodnom pristupu u novom čitaoničkom prostoru na drugom spratu biblioteke.