Univerzitetska biblioteka u svojim fondovima ima preko 30 posebnih biblioteka, koje se čuvaju kao zasebne celine. One su veoma raznovrsne po veličini i značaju, a predstavljaju veliku vrednost, kako po sadržaju, tako i kao svedočanstvo o ličnostima kojima su pripadale.
Među ovim bibliotekama posebnu vrednost imaju: Biblioteka Joce Vujića, jedna od najbogatijih biblioteka za proučavanje srpske nacionalne i kulturne istorije i književnosti, koja sadrži većinom knjige iz 18. i 19. veka, kao i veoma vredne rukopise, dokumenta i pisma. Poklonjena je 1932. godine.
Biblioteka Gedeona Dunđerskog je u stvari bila biblioteka čuvenog sakupljača naših starih knjiga, bibliofila, Petra Stojadinovića iz Novog Sada. Kao svoj dar Univerzitetskoj biblioteci, ovu je zbirku kupio dr Dunđerski. Knjige su uglavnom iz istorije i književnosti srpskog naroda. Biblioteka je značajna za proučavanje srpske nacionalne i kulturne istorije. Poklonjena je 1929. godine.
Biblioteka Miroslava Premrua, dobijena je od Ministarstva spoljnih poslova 1927. godine. Sadrži stare i retke knjige, izvore za istoriju i literaturu o reformaciji i renesansi.
Biblioteka Dimitrija Mitrinovića, koji je živeo i umro u Londonu, sadrži literaturu iz oblasti filozofije, etnologije, antropologije, orijentalistike i umetnosti. Biblioteka je zaveštana Univerzitetskoj biblioteci i primljena 1956.
Biblioteka Isidore Sekulić sadrži knjige iz književnosti i književne kritike, kao i rukopise. Legat čine i slike, nameštaj i lične stvari. Spomen soba se nalazi u čitaonici Odeljenja retkosti.