У фонду старе и ретке књиге смештене су рукописне, старе и ретке штампане књиге, стари часописи и новине, архивска збирка и збирка карата. Збирка рукописних, ћирилских и оријенталних књига представља најдрагоценији део фонда Универзитетске библиотеке.
Од ћирилских рукописа, којих са одломцима има 90, најстарији су они из 13. века: одломак Апостол јеванђеља, писан на кожи, и Псалтир нађен у селу Печари код Беле Цркве у Рашкој. Од бројних ћирилских рукописа писаних у 14, 15, 16. и 17. веку, најзначајнији су Минеј за март–април из 1344–1345. године, најстарији сачувани препис, Похвале Св. Симеуну и Св. Сави од Теодосија из друге половине 14. века, Четворојеванђеље из друге половине 15. века, барањски рукопис Душановог законика са почетка 16. века, Панегирик писан 1595. године у манастиру Св. Тројице код Пљеваља и др.
У збирци рукописа на оријенталним језицима, којих је укупно 397 у 633 књиге, највећи број је на арапском (498), на османском (126) и персијском језику (9). Најстарији рукопис датира из 1206. године. Углавном настали на нашој територији, ови рукописи већином су из области права, историје, књижевности и филозофије. Сви рукописи из ове збирке су скенирани и укључени у електронски каталог Библиотеке и у европску електронску библиотеку Europeana Libraries.
Од најстаријих штампаних књига из 15. века, инкунабула, треба поменути Октоих првогласник и Псалтир са последовањем из Цетињске штампарије из 1494. године, и Biblia Latina из Нирнберга из 1477. године, која је ручно украшена. Значајна је збирка књига из 16. века (србуља), штампаних у Венецији, Грачаници, Себешу, Милешеви, Мркшиној цркви, Скадру, Трговишту и Београду. Од ових издања нарочито је вредан примерак Октоиха, штампан у Грачаници 1539. године, који има изванредно ретку илустрацију, дрворез мелода са манастиром Грачаницом на првом листу. Исто тако значајан и добро очуван је примерак Четворојеванђеља, штампан у Београду 1552. године.
Велики је број књига на страним језицима, међу њима су: прво издање дела Марка Марулића на латинском De institutione bene vivendi, које је штампано у Венецији 1506, дело Chronicorum turcicorum, штампано у Франкфурту на Мајни 1578, са гравиром Београдске тврђаве, Птоломејева La Geografia, штампана у Венецији 1574, Il regno degli Slavi Мавра Орбина из 1601. године, чувени Меркаторов Атлас, штампан у Амстердаму 1630, који садржи и мапу Србије итд.
Од бројних књига из 18. века, треба поменути Стематографију Христифора Жефаровића штампану у Бечу 1741, Латински буквар Захарија Орфелина (Венеција, 1767), Живот и прикљученија Доситеја Обрадовића (Лајпциг, 1783), Историју разних словенских народа Јована Рајића (Беч, 1794), први српски часопис – Славено-сербски магазин Захарија Орфелина објављен у Венецији 1768. и прве српске новине – Славено-сербске вједомости, штампане у Бечу 1792–1794.
Нарочито је велики број наших књига из 19. века: Вукова Пјеснарица и Писменица (Беч, 1814), прва издања Ђуре Даничића, Бранка Радичевића, Његоша, Петра Прерадовића, Светозара Марковића као и једино сачвано оригинално издање Устава књажевства Сербије, тзв. Сретењског устава, издато у Крагујевцу 1835. године.
Од периодичних издања сачувани су: Забавник Димитрија Давидовића за 1834, Српске Новине од почетка излажења у Крагујевцу 1834, Новине сербске које су излазиле у Бечу од 1813, под уредништвом Давидовића и Фрушића, Шумадинка Љубе Ненадовића за 1850, Даница илирска Људевита Гаја из 1836, штампана у Загребу и многа друга.
Драгоцена је и архивска збирка, која садржи писма и документа настала од краја 17. до 20. века. Највећи део ове збирке чини лична преписка знаменитих личности, са око 4.000 јединица и око 22.000 исписаних страна.
Збирка географских карата и атласа садржи старе мапе, на којима су приказани и наши крајеви. Од старих карти посебну пажњу привлаче бакрорези – планови Београда из 18. века.
Процес дигитализације највреднијих ретких публикација и архивске грађе је у току, и оне се сукцесивно укључују у дигитални репозиторијум и електронски каталог Библиотеке.